Dans les années 1780 – 1880 un « combat pour la civilisation » venu d’Allemagne veut séparer l’Eglise de l’Etat. Une guerre de religion entre catholiques et protestants affecte Confignon et d’autres Communes, lorsque les réformés bernois, opposés au Vatican, suppriment le culte catholique et en détruisent tous les symboles. Le 25 juillet 1878, malgré une forte résistance des paroissiens, l’église de Confignon, les chapelles d’Onex et Perly-Certoux sont prises d’assaut par les gendarmes et confisquées par les autorités réformées de Genève, sous le régime d’Antoine Carteret.