Le nom de Confignon provient d’une famille d’anciens Seigneurs de la haute chevalerie au XIIIème siècle. Ils possédaient un imposant château avec donjons et fossés, détruit par les troupes Bernoises en 1590, aujourd’hui invisible sous l’actuel parking. Jusqu’au XIXème siècle les habitants en récupèrent les pierres pour bâtir leurs maisons. Au XVIème siècle les temps furent durs pour la région : les guerres continuelles entre Genève et la Savoie, l’occupation du pays par les Bernois, les épidémies, la peste, la destruction des châteaux, engendrèrent de la misère. Le dernier assaut contre Genève en 1602 par le Duc de Savoie (l’Escalade) fut suivi de deux siècles de conflits, jusqu’à la Révolution française en 1789. Avec le Traité de Turin en 1816, Genève et les Communes-Réunies vont devenir territoire suisse.
Le pôle historique est situé à l’extrémité du « cordon » villageois du Vuillonnex et du chemin de Pontverre. Un bâti fragmenté en fonction de la topographie et des opportunités foncières d’origines, révélées dans le premier cadastre Sarde (1730) et Napoléonien (1810). Dès les années soixante la place du village a fait débat. Un long processus participatif et démocratique avec les habitants va identifier les besoins, qui seront pris en compte lors d’un concours d’architecture. Le défi, résoudre et articuler divers usages, créer un espace convivial et ombragé, maintenir les commerces de proximité, cafés/tea-room, marché et parking. Au final l’inauguration eut lieu en mai 2014.